网站建设运营合作合同是规范合作双方权利与义务的重要文件。在合作开展前，需对合同条款进行细致审查，确保自身权益得到充分保障。

合同的首部应明确双方当事人的基本信息，包括公司名称、法定代表人、地址、联系方式等。这是确定合作主体的关键部分，务必准确无误。

对于网站建设部分，需详细约定建设的具体内容，如网站的功能模块、页面设计风格、技术架构等。明确交付时间节点也至关重要，这关系到项目能否按时推进。比如，规定在合同签订后的[X]个工作日内完成首页设计初稿，[X]周内完成整体开发并进行测试。

运营服务方面，要界定清楚双方的职责。比如，甲方负责提供网站运营所需的部分资源支持，乙方则承担日常的内容更新、推广优化等工作。同时，对于运营目标的设定也应清晰，如在合作期内将网站的月访问量提升[X]%。

关于费用及支付方式，合同中需明确各项费用的明细。建设费用可能包括设计费、开发费、服务器租赁等；运营费用可涵盖推广费用、人工成本等。支付方式可约定为分期支付，如合同签订后支付[X]%的预付款，网站建设完成并验收合格后支付[X]%，运营[X]个月后支付剩余款项。

在知识产权归属上，要明确网站建设成果的知识产权归属。一般来说，若由乙方负责建设，在甲方支付全部费用后，网站的知识产权归甲方所有，但乙方有权在合理范围内使用相关技术和设计成果用于展示自身业务能力等目的。

保密条款也是合同的重要组成部分。双方应对在合作过程中知悉的对方商业秘密、技术秘密等予以保密，不得向任何第三方披露。违反保密条款需承担相应的违约责任。

违约责任的约定能有效约束双方履行合同义务。例如，若一方未按时完成网站建设或运营任务，应按照合同金额的一定比例向对方支付违约金；若因一方原因导致合同无法履行，需承担对方因此遭受的全部损失。

争议解决方式通常有协商、仲裁或诉讼。双方应在合同中明确选择一种争议解决方式，以便在发生纠纷时能够迅速、有效地解决问题。

总之，一份严谨的网站建设运营合作合同是保障合作顺利进行的基石。双方在签订合同前应充分沟通，仔细斟酌各项条款，确保合同既能满足双方的合作需求，又能在法律层面上保护各自的权益。在合作过程中，严格按照合同约定履行义务，若出现问题及时依据合同条款协商解决，这样才能实现互利共赢，推动网站建设运营项目的成功开展。